В настоящее время Территориальный орган Росздравнадзора по Республике Башкортостан осуществляет в субъекте полномочия по лицензионному контролю, государственному контролю за качеством и безопасностью медицинской деятельности, обращением лекарственных средств и медицинских изделий, осуществлением переданных на уровень субъектов РФ государственных полномочий. Важнейшим приоритетом деятельности Территориального органа Росздравнадзора по Республике Башкортостан является обеспечение соблюдения прав граждан в сфере охраны здоровья, включая доступность медицинской помощи для населения Республики Башкортостан.

     Территориальным органом Росздравнадзора также исполняется ряд контрольно-разрешительных функций. В отношении федеральных медицинских и фармацевтических организаций осуществляется лицензирование медицинской, фармацевтической деятельности и деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ, оборотом лекарственных средств и медицинских изделий.

     За время существования службы укрепилось взаимодействие с правоохранительными органами, органами управления здравоохранением Республики Башкортостан, профессиональными ассоциациями медицинских и фармацевтических работников, производителями лекарственных средств и изделий медицинского назначения, представителями СМИ и общественными организациями. При Территориальном органе Росздравнадзора по Республике Башкортостан функционирует региональное отделение Совета общественных организаций по защите прав пациентов, центр правовой помощи.

     Сегодня деятельность Территориального органа Росздравнадзора по Республике Башкортостан основывается на риск-ориентированной модели с упором на профилаку и предупреждение возможных нарушений в сфере здравоохранения. Широкое применение разъяснительных мер по итогам обобщения материалов проверок, информирование подконтрольных лиц о новшествах в законодательств Российской Федерации в сфере здравоохранения, в том числе с проведением публичных мероприятий с трансляцией их в сети Интернет, позволяет создавать комфортную среду для участников профессионального рынка медицинских и фармацевтических услуг. Вместе с тем, выявление имеющихся недостатков в сфере здравоохранения и принимаемые меры, направленные на их устранение, обеспечивают реализациию конституционных прав граждан, предотвращение нарушений законодательства в сфере здравоохранения, повышение качества и доступности медицинской помощи, снижение уровня смертности, увеличение продолжительности жизни граждан в субъекте Российской Федерации.