По своему организационно-правовому статусу учреждение является территориальным органом федерального органа исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере здравоохранения на территории Республики Башкортостан.
Основные цели и задачи, а также полномочия территориальных органов Росздравнадзора определены приказом Минздрава России от 13.12.2012 г. № 1040н "Об утверждении Положения о территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения". Территориальный орган Росздравнадзора по Республике Башкортостан также руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, Положением о Министерстве здравоохранения Российской Федерации, Положением о Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения, нормативными правовыми актами Министерства здравоохранения Российской Федерации и актами Росздравнадзора.
Территориальный орган по Республике Башкортостан возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности приказом Министра здравоохранения Российской Федерации по представлению руководителя Росздравнадзора. Должность заместителя руководителя в Территориальном органе Росздравнадзора по Республике Башкортостан не предусмотрена. Руководитель осуществляет руководство Территориальным органом и несёт персональную ответственность за осуществление возложенных на Территориальный орган полномочий, без доверенности действует от имени Территориального органа, представляет его интересы, распоряжается в установленном порядке средствами и имуществом Территориального органа. В рамках полномочий, предусмотренных Кодексом Российской Федерации об административных правонарушениях, руководитель Территориального органа по Республике Башкортостан рассматривает дела об административных правонарушениях и выносит по ним решения о привлечении виновных лиц к административной ответственности.
В настоящее время должность руководителя Территориального органа занимает Гашимова Динара Тимербаевна.
При Территориальном органе Росздравнадзора по Республике Башкортостан созывается региональное отделение Совета общественных организаций по защите прав пациентов при Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения, в состав которого входят видные деятели медицинской и научной общественности республики, активисты общественных организаций и движений, регионального профсоюза медицинских работников, представители СМИ. Срок полномочий каждого созыва Совета составляет 3 года. В настоящее время в связи с истечением срока полномочий Совета созыва 2014 года формируется новый состав регионального отделения Совета.
